Родился 9 апреля 1961 года в селе Троицкое Новохопёрского района Воронежской области. Работал в совхозе, затем на Воронежском шинном заводе. Учился на вечернем отделении Воронежского технологического института. В 1981—1983 годах служил в Советской Армии, после демобилизации пошёл на службу в органы Министерства внутренних дел СССР. В 1989 году Махотин окончил Ленинградский финансово-экономический институт.
С 1993 года Махотин возглавлял оперативно-боевое отделение СОБР РУБОП по Санкт-Петербургу и Ленинградской области. Командировался на Северный Кавказ во время Первой чеченской войны. В 1999 году Махотин был переведён в систему регионального управления ГУИН Министерства юстиции Российской Федерации сначала на должность заместителя по боевой и служебной подготовке отряда специального назначения «Тайфун», затем начальника оперативного отдела Управления собственной безопасности.
Командировался во главе отряда «Тайфун» в Дагестан и Чечню в период Второй чеченской войны. 11-28 февраля 2000 года, действуя в Аргунском ущелье, отряд разгромил три базы сепаратистов, уничтожил более 40 боевиков без потерь со своей стороны. Во время одного из боёв Махотин лично подорвал гранатами пулемётную точку противника. В боях за село Комсомольское против бандформирования Руслана Гелаева Махотин лично уничтожил 3 огневые точки и 5 сепаратистов, вынес на себе тяжелораненого. 7 марта 2000 года, оказавшись в окружении, Махотину удалось организовать круговую оборону и, нанеся противнику потери, прорваться к своим. 10 марта 2000 года он лично подорвал опорный пункт противника, уничтожив 20 боевиков, а затем в тот же день прорвала кольцо окружения группы военнослужащих внутренних войск. В тех боях Махотин получил контузию, но оставался в строю.
Указом Президента Российской Федерации в 2001 году за «проявленное мужество в боях и умелое руководство подразделением в борьбе с террористическими формированиями на Северном Кавказе» полковник внутренней службы Алексей Махотин был удостоен высокого звания Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда».
В 2001 году Махотин окончил Санкт-Петербургский юридический институт МВД РФ. В 2002 году он вышел в отставку. В настоящее время проживает в Санкт-Петербурге, работал сначала советником начальника ГУИН по Северо-Западному федеральному округу, затем юристом в ООО «Консультант СВ». Активно занимается общественной деятельностью.
Также награждён орденом Мужества, рядом медалей и именным оружием.
В настоящее время является проректором по режиму и безопасности Санкт-Петербургского государственного экономического университета.